Motoko Kusanagi heeft een cameo, maar de echte protagonist in deze sequel is haar partner, Batou, de lusteloze semi-cyborg met zijn schattige Basset. Samen met Section 9 zit hij op het spoor van een reeks seksbotmoorden, die hen voeren in een labyrint van valse waarheden en existentiële bespiegelingen. Innocence is een feest voor de zintuigen en een film met brains.
